Přejít k hlavnímu obsahu

Klíčové pracoviště proteomiky

O nás

Klíčové pracoviště proteomiky IMTM je vaším dalším výzkumným partnerem v oblasti klinické proteomiky. Díky týmu vysoce kvalifikovaných odborníků a nejmodernějšímu přístrojovému vybavení vám pomůžeme realizovat průlomový výzkum a nabízíme širokou škálu špičkových proteomických analýz. Zaměřujeme se především na proteinové biomarkery v tělních tekutinách, naši odborníci však mohou pomoci i s řadou dalších výzkumných úkolů, u nichž může proteomika pozvednout běžný výzkum na výjimečný.

Proč si vybrat nás

  • Špičkové technologie: Nabízíme proteomické analýzy zahrnující pečlivou přípravu vzorků, analýzu na nejmodernějších přístrojích LC-MS a vyhodnocení v nejaktuálnějších vyhledávacích nástrojích, které jsou speciálně nastaveny pro zpracování velkých objemů dat.
  • Odborný tým: Náš tým zkušených vědců a techniků vám poskytne individuální pomoc a podporu po celou dobu vašich proteomických projektů.
  • Řešení na míru: Každý výzkumný úkol je jedinečný, a to zejména v oblasti klinické a translační proteomiky. Víme, jakou hodnotu mají vaše vzorky, a dokážeme najít řešení odpovídající vašemu výzkumnému úkolu i rozpočtu tak, abyste získali co nejlepší výsledky.
  • Biobanking a ukládání dat: Ve spolupráci s Klíčovým pracovištěm biobankingu se můžeme postarat o vaše cenné vzorky i o ještě cennější výsledky pro budoucí výjimečné objevy.
Napojení na výzkumné infrastruktury
Služby
Proteomika LC-MS DDA

Spojení separační schopnosti a reprodukovatelnosti kapalinové chromatografie s přesností a citlivostí hmotnostní spektrometrie umožnilo v minulosti rychlý rozvoj proteomiky a dodnes je považováno za standardní přístup v současné proteomice. Po desetiletích vývoje je proteomika LC-MS v současnosti mimořádně citlivou a přesnou metodou, která umožňuje identifikovat a semikvantifikovat tisíce proteinů z buněk či tkání a stovky proteinů z tělních tekutin. Klíčové pracoviště proteomiky IMTM nabízí zavedené protokoly LC-MS ověřené řadou publikací a pravidelně kontrolované přísnou kontrolou kvality. Tradiční přístup k identifikaci proteinů se nazývá akvizice závislá na datech (DDA) a je metodou volby při charakterizaci neznámého vzorku.

Proteomika LC-MS DIA

Při analýze většího množství podobných vzorků lze s výhodou využít jiný přístup – akvizici nezávislou na datech. Tento přístup přináší lepší pokrytí a kvantifikaci vzorků díky odlišným algoritmům, které přímo porovnávají získaná hmotnostní spektra všech vzorků mezi sebou i s centrální knihovnou.  Klíčové pracoviště proteomiky IMTM disponuje nejmodernějšími analytickými a softwarovými nástroji pro tento typ analýz s vyšší kapacitou.

Cílená proteomika

Cílená proteomika vyměňuje identifikační schopnost za vysokou kapacitu. Cílená proteomika je nejvhodnější metodou pro analýzu známých proteinů ve větších souborech vzorků. Klíčové pracoviště proteomiky IMTM nabízí cílené protokoly s využitím tradičních přístrojů Q-trap či Q-TOF i pomocí testu Thermo SureQuant nové generace.

Kinázové testy

Kinázové testy nabízené klíčovým pracovištěm proteomiky IMTM umožňují sledovat kinetiku kináz nebo jejich inhibitory pomocí cílené MS analýzy nefosforylovaného a fosforylovaného substrátu. Test je vysokokapacitní a optimalizovaný pro rychlý screening inhibitorů.

Analýza MALDI-TOF

Pro identifikaci proteinů z elektroforetických proužků či skvrn stále nabízíme tradiční metodu peptidového mapování (protein mass fingerprinting) založenou na MALDI-TOF. Ve srovnání s LC-MS umožňuje identifikace pomocí MALDI-TOF rychlejší analýzu sledovaných proteinů s přiměřenou kapacitou. Tato metoda je vhodná pro jednotlivé proteiny purifikované elektroforézou nebo jinou metodou; pro směsi proteinů však můžeme nabídnout vhodnější metody. 

Multiplexní imunoanalýzy

Multiplexní imunoanalýza Luminex dokáže najednou identifikovat a kvantifikovat až 100 proteinů, cytokinů či nukleových kyselin z velmi malého množství biologického materiálu. Systém je velmi univerzální a poskytuje rychlé a cenově výhodné výsledky. Protože je test Luminex založen na imunoanalýze, umožňuje využít výhod 96jamkových destiček a analyzovat s vysokou kapacitou. 

Analýzy LC-MS na míru a vývoj metod

Vývoj analytických přístupů na míru pro konkrétní úlohy s využitím kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie, zejména v oblasti analýzy biomolekul.

Bioinformatická podpora

Současné proteomické technologie umožňují identifikovat a kvantifikovat tisíce proteinů a jejich variant. V typickém proteomickém experimentu se porovnávají dva či více stavů. Tyto stavy se obvykle projevují změnami abundance určitých proteinů. V současnosti se neidentifikují pouze jednotlivé diferenciálně regulované proteiny, ale spíše celé komplexní dráhy. Zpracování takových dat může být velmi náročné a náš tým bioinformatiků vám pomůže s jakýmkoli problémem týkajícím se výpočetního zpracování a bioinformatického vyhodnocení proteomických výsledků. 

Konzultace a školení

Zkušení pracovníci klíčového pracoviště proteomiky IMTM vám mohou výrazně pomoci s návrhem experimentů vyžadujících analýzu proteomu a s odpovídajícím zaškolením v jakékoli fázi biomedicínského výzkumu.

Naše vybavení a přístrojové zázemí
ThermoFisherScientific LC-MS system for proteomic studies
Zarezervovat tento přistroj
AB SCIEX mass spectrometer TripleTOF ™ 5600 +
Zarezervovat tento přistroj
AB SCIEX QTRAP 5500 Tandem mass spectrometer
Zarezervovat tento přistroj
Bruker ™ ultrafleXtreme MALDI-TOF/TOF mass spectrometer
Zarezervovat tento přistroj
Formulář žádosti o službu
Do tohoto pole může být nahráno neomezené množství souborů.
Limit 256 MB.
Povolené typy: gif jpg jpeg png bmp eps tif pict psd txt rtf html odf pdf doc docx ppt pptx xls xlsx xml avi mov mp3 mp4 ogg wav bz2 dmg gz jar rar sit svg tar zip.
Beru na vědomí, že odesláním výše uvedeného formuláře pro podání návrhu projektu souhlasím s tím, že EATRIS-CZ, zastoupená národním uzlem, Ústavem molekulární a translační medicíny (IMTM), Lékařská fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci, bude zpracovávat mé osobní údaje výhradně za účelem odpovědi na návrh projektu a souvisejících informací uvedených ve formuláři.
Beru na vědomí, že výše uvedené informace a údaje nemají důvěrnou povahu a EATRIS-CZ je může zpracovávat pro účely interního hodnocení projektu a navazování partnerství.
CAPTCHA
Vložte znaky zobrazené na obrázku.
This question is for testing whether or not you are a human visitor and to prevent automated spam submissions.
Kontakty

Máte-li jakékoli dotazy nebo byste chtěli prodiskutovat potřeby svého genomického výzkumu, neváhejte nás kontaktovat. Náš vstřícný a zkušený tým je vám připraven pomoci. Kontaktovat nás můžete následujícími způsoby:

 

  • Telefon: +420 585 632 145
  • E-mail: proteomics.imtm@imtm.cz
  • Adresa: Ústav molekulární a translační medicíny, Lékařská fakulta a Český institut výzkumu a pokročilých technologií, Univerzita Palackého v Olomouci, Hněvotínská 5, 779 00 Olomouc, Česká republika

 

Těšíme se, že se staneme součástí vašeho genomického výzkumu, a na spolupráci na průlomových objevech, které budou utvářet budoucnost vědy a medicíny. Pojďme společně odhalit potenciál genomiky!